沙眼衣原体是引发非淋菌性尿道炎的主要病原体，由前述由此可知，非淋菌性尿道炎的40%～50%是由沙眼衣原体病毒感染引发的。沙眼衣原体病毒感染目前已是西方国家最少见的性传播疾病之一，发作人数减少迅速，已多达淋病。
在我国，沙眼衣原体病毒感染的患病人数也在很快减少。 沙眼衣原体的患病人群以青壮年居多。病毒感染后，潜伏期为数天到数月，一般是1～3周。
病毒感染沙眼衣原体后妇女最少见的是引发化脓性宫颈炎，经常出现脓性白带增多，可常有外阴炎症。如果引发尿道炎时，大约一半病人经常出现尿急、尿频和排尿困难，与淋病性尿道炎有所不同的是，沙眼衣原体引发的尿道炎无尿痛症状，或尿痛很严重，可有少量的尿道分泌物。
如果巴氏腺被病毒感染，还能引发巴氏腺炎。一般而言，女性患者多数症状很重，或者没心态症状，因此经常被忽视，更容易导致本病的传播。
妇科检查可见宫颈肿胀、肿大，有粘液脓性分泌物。由于沙眼衣原体病毒感染经常与淋病拆分不存在，且症状相近，因此临床上要与淋病互为辨别。
常规所取宫颈分泌物或尿道分泌物涂片，经革兰氏染色，如果并未看到细胞内(外)革兰氏阴性双球菌，淋病双球菌培育也为阴性，就可以回避淋病病毒感染。 目前实验室检查衣原体的方法有：衣原体细胞培养法、衣原体细胞学检查法以及衣原体酶免疫系统检查法。其中以衣原体细胞培养法最脆弱、最可信。
检查取材于时需将宫颈口分泌物拭净，然后将拭子或细胞刷伸进宫颈管内1～1 5厘米，摆放1～2分钟并旋转，不作宫颈管内细胞取材于。 沙眼衣原体除能引发化脓性宫颈炎、阴道炎、尿道炎外，还能经生殖道下行病毒感染，有可能引发缓、慢性输卵管炎，子宫内膜炎等盆腔炎症。
化疗沙眼衣原体病毒感染多使用口服抗生素，可搭配强力霉素每次100毫克，每日服2次，首次剂量加倍，倒数服7天；或红霉素每次0.5克，每日4次，连服7天；或恩爱霉素每次口服100毫克，每日2次，连服10天。孕妇用药可选红霉素，服药剂量、方法同前。
病毒感染沙眼衣原体后在生活中要具体两点，既要大力化疗，又不要再行将病原体传染别人。 (1)大力化疗是患者首先要推崇的。由于服药便利，服药疗程亦不很长，因此患者只要不予推崇即能已完成化疗。
患者的未婚应当同时参与检查和化疗。化疗后必须复查以证实否康复。
(2)患病期间禁令性生活，直到康复为止。 (3)平时留意个人卫生：外阴部保持清洁潮湿，每日换洗内裤。
由于沙眼衣原体不耐高温，所用手巾、内裤可以浸泡消毒。个人的盆具个人用于，浴盆浸后及时消毒，不乱用别人的物品，以免导致疾病传播。 (4)红霉素可以用作孕妇的沙眼衣原体病毒感染，安全性较好，因此孕妇患者也应当大力化疗，防止病毒感染胎儿。
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